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微生物无处不在，它们在你的手机上，在你水杯中，在你洗手前的手上，洗手后也在你的手上。
正常产道出生的宝宝，会接受来自妈妈的数十亿的细菌的覆盖——这也是保证宝宝健康成长的很重要的部分。剖腹产的儿童，由于缺乏了来自妈妈身上的微生物，患哮喘、免疫疾病甚至白血病的几率较高。
人体微生物角色
“平民”
它们安静地做自己的事情，在它们的位置，它们占据着自己的领地，一般不会对我们造成伤害。比如说表皮葡萄球菌，顾名思义就是定居在人皮肤表面、长得像葡萄串的细菌。这种细菌是人体正常菌群的一部分，一般情况下不会产生致病性。只有当其黏附于植入性的医疗器械表面时，细菌会结伴形成致密的膜状结构而感染致病。
“杀手”
它们会伤害我们，但是我们已经学会与之“相处”。例如，口腔内产生酸的细菌就会真的溶解牙齿，它们也会想要占据尽可能多的空间。我们不希望牙齿被破坏，但是也没有完全摆脱它们的办法，所以只能够通过定时刷牙来控制它们的人口数量。
“医生”
它们是我们身体需要的有益的“伙伴”。这些肠道微生物帮助我们消化食物，并从我们不能自我消化的东西中吸收额外的热量。比如说，酸奶里面的乳酸菌们，就是这样的一类细菌。
微生物主要分布在消化系统中，而其中肠道微生物占绝大部分。
从《肠道微生物与人体健康研究进展》综述中看到了我们的肠道微生物的影响不断扩大，不仅与自身免疫性疾病、过敏反应、肥胖、炎症性肠疾病和糖尿病等有关，甚至可能与帕金森氏症有关。
美国研究人员在《细胞》杂志上发表的动物研究显示，这种常见的神经退行性疾病可能与肠道里的微生物变化有关。也就是说，微生物可能影响我们的大脑。
每天要快到饭点的时候，我们都在想这顿吃啥啊，或者看着菜单纠结，就在这纠结的过程中，微生物可能就时不时地干预我们大脑做的决定，还让我们觉得是自己管不住嘴。
果蝇的测试表明，它们体内的微生物群落影响了它们对食物的喜好。简单来说，这可能是体内的微生物能够告诉大脑，它想要哪些食物。
打理好自己的“微生物花园”
我们体内最初的微生物来自我们母亲，但它如何增长和变化，取决于我们吃的食物。我们的肠道中的微生物以不同的东西为“食物”，有些微生物喜欢纤维和绿叶蔬菜，有些喜欢吃糖类和淀粉类食物，还有一些喜欢麻辣油腻等重口味类食物。
我们的肠胃就像一个花园，我们不停地决定什么类微生物会增长和繁殖，如果我们吃大量高热量的食物（油炸食物、甜点、肉、火锅及麻辣烫等），那么我们就会培育过多的“重口味”细菌。
人生如此艰难，所以我们很可能会陷入一个恶性循环，你压力越大越吃甜点、火锅和快餐等，这简直是“重口味”细菌的最爱，它们繁殖再繁殖，占据了喜爱蔬菜的细菌的空间。
最初，你决定了“重口味”细菌的增长；后来，“重口味”细菌决定你吃什么吃多少。
这种不断自我增强的恶性循环是造成肥胖的关键原因。
针对这种现象，有很多研究人员都对菌群紊乱与肥胖关系进行研究。
美国华盛顿大学研究人员做过这样的研究，对4对人类双胞胎肠道内的微生物进行取样，每一对双胞胎都是一瘦一胖，然后将采集到的肠道细菌分别移植到在无菌环境下培育的小鼠肠道内。
结果发现，与接受消瘦者肠道细菌的小鼠相比，接受肥胖者肠道细菌的小鼠会增加更多体重。
但将这两组小鼠放在一起饲养后，研究人员发现，接受肥胖者肠道菌群的老鼠变瘦了，而接受消瘦者肠道细菌的老鼠没有任何变化。
基因组测序与代谢组学研究表明，这种现象是由属于拟杆菌门的特定肠道菌群引起。当放在一起饲养后，来自消瘦小鼠肠道的这一菌群会“侵入”肥胖小鼠的肠道，导致肥胖小鼠减肥。
研究还发现，饮食会干扰肠道菌群对胖瘦的影响。如果给放在一起饲养的两组小鼠喂食高纤维低脂肪的健康食物，试验结果不会有任何改变。
但如果喂食低纤维高脂肪的不健康食物，则肥胖小鼠不再因消瘦小鼠肠道细菌的“侵入”而减肥。这说明了饮食习惯很重要。
微生物对人类最重要的影响之一是导致传染病的流行。在人类疾病中有50％是由病毒引起。世界卫生组织公布资料显示：传染病的发病率和病死率在所有疾病中占据第一位。微生物导致人类疾病的历史，也就是人类与之不断斗争的历史。在疾病的预防和治疗方面，人类取得了长足的进展，但是新现和再现的微生物感染还是不断发生，像大量的病毒性疾病一直缺乏有效的治疗药物。一些疾病的致病机制并不清楚。大量的广谱抗生素的滥用造成了强大的选择压力，使许多菌株发生变异，导致耐药性的产生，人类健康受到新的威胁。一些分节段的病毒之间可以通过重组或重配发生变异，最典型的例子就是流行性感冒病毒。每次流感大流行流感病毒都与前次导致感染的株型发生了变异，这种快速的变异给疫苗的设计和治疗造成了很大的障碍。而耐药性结核杆菌的出现使原本已近控制住的结核感染又在世界范围内猖獗起来。
微生物千姿百态，有些是腐败性的，即引起食品气味和组织结构发生不良变化。当然有些微生物是有益的，它们可用来生产如奶酪，面包，泡菜，啤酒和葡萄酒。微生物非常小，必须通过显微镜放大约1000 倍才能看到。比如中等大小的细菌，1000个叠加在一起只有句号那么大。想像一下一滴牛奶，每毫升腐败的牛奶中约有5千万个细菌，或者讲每夸脱牛奶中细菌总数约为50亿。也就是一滴牛奶中可有含有50 亿个细菌。
微生物能够致病，能够造成食品、布匹、皮革等发霉腐烂，但微生物也有有益的一面。最早是弗莱明从青霉菌抑制其它细菌的生长中发现了青霉素，这对医药界来讲是一个划时代的发现。后来大量的抗生素从放线菌等的代谢产物中筛选出来。抗生素的使用在第二次世界大战中挽救了无数人的生命。一些微生物被广泛应用于工业发酵，生产乙醇、食品及各种酶制剂等；一部分微生物能够降解塑料、处理废水废气等等，并且可再生资源的潜力极大，称为环保微生物；还有一些能在极端环境中生存的微生物，例如：高温、低温、高盐、高碱以及高辐射等普通生命体不能生存的环境，依然存在着一部分微生物等等。看上去，我们发现的微生物已经很多，但实际上由于培养方式等技术手段的限制，人类现今发现的微生物还只占自然界中存在的微生物的很少一部分。
微生物间的相互作用机制也相当奥秘。例如健康人肠道中即有大量细菌存在，称正常菌群，其中包含的细菌种类高达上百种。在肠道环境中这些细菌相互依存，互惠共生。食物、有毒物质甚至药物的分解与吸收，菌群在这些过程中发挥的作用，以及细菌之间的相互作用机制还不明了。一旦菌群失调，就会引起腹泻。
随着医学研究进入分子水平，人们对基因、遗传物质等专业术语也日渐熟悉。人们认识到，是遗传信息决定了生物体具有的生命特征，包括外部形态以及从事的生命活动等等，而生物体的基因组正是这些遗传信息的携带者。因此阐明生物体基因组携带的遗传信息，将大大有助于揭示生命的起源和奥秘。在分子水平上研究微生物病原体的变异规律、毒力和致病性，对于传统微生物学来说是一场革命。
以人类基因组计划为代表的生物体基因组研究成为整个生命科学研究的前沿，而微生物基因组研究又是其中的重要分支。世界权威性杂志《科学》曾将微生物基因组研究评为世界重大科学进展之一。通过基因组研究揭示微生物的遗传机制，发现重要的功能基因并在此基础上发展疫苗，开发新型抗病毒、抗细菌、真菌药物，将对有效地控制新老传染病的流行，促进医疗健康事业的迅速发展和壮大!
从分子水平上对微生物进行基因组研究为探索微生物个体以及群体间作用的奥秘提供了新的线索和思路。为了充分开发微生物（特别是细菌）资源，1994年美国发起了微生物基因组研究计划（MGP）。通过研究完整的基因组信息开发和利用微生物重要的功能基因，不仅能够加深对微生物的致病机制、重要代谢和调控机制的认识，更能在此基础上发展一系列与我们的生活密切相关的基因工程产品，包括：接种用的疫苗、治疗用的新药、诊断试剂和应用于工农业生产的各种酶制剂等等。通过基因工程方法的改造，促进新型菌株的构建和传统菌株的改造，全面促进微生物工业时代的来临。
工业微生物涉及食品、制药、冶金、采矿、石油、皮革、轻化工等多种行业。通过微生物发酵途径生产抗生素、丁醇、维生素C以及一些风味食品的制备等；某些特殊微生物酶参与皮革脱毛、冶金、采油采矿等生产过程，甚至直接作为洗衣粉等的添加剂；另外还有一些微生物的代谢产物可以作为天然的微生物杀虫剂广泛应用于农业生产。通过对枯草芽孢杆菌的基因组研究，发现了一系列与抗生素及重要工业用酶的产生相关的基因。乳酸杆菌作为一种重要的微生态调节剂参与食品发酵过程，对其进行的基因组学研究将有利于找到关键的功能基因，然后对菌株加以改造，使其更适于工业化的生产过程。国内维生素C两步发酵法生产过程中的关键菌株氧化葡萄糖酸杆菌的基因组研究，将在基因组测序完成的前提下找到与维生素C生产相关的重要代谢功能基因，经基因工程改造，实现新的工程菌株的构建，简化生产步骤，降低生产成本，继而实现经济效益的大幅度提升。对工业微生物开展的基因组研究，不断发现新的特殊酶基因及重要代谢过程和代谢产物生成相关的功能基因，并将其应用于生产以及传统工业、工艺的改造，同时推动现代生物技术的迅速发展。
农业微生物基因组研究认清致病机制发展控制病害的新对策
据资料统计，全球每年因病害导致的农作物减产可高达20％，其中植物的细菌性病害最为严重。除了培植在遗传上对病害有抗性的品种以及加强园艺管理外，似乎没有更好的病害防治策略。因此积极开展某些植物致病微生物的基因组研究，认清其致病机制并由此发展控制病害的新对策显得十分紧迫。
经济作物柑橘的致病菌是国际上第一个发表了全序列的植物致病微生物。还有一些在分类学、生理学和经济价值上非常重要的农业微生物，例如：胡萝卜欧文氏菌、植物致病性假单胞菌以及我国正在开展的黄单胞菌的研究等正在进行之中。日前植物固氮根瘤菌的全序列也刚刚测定完成。借鉴已经较为成熟的从人类病原微生物的基因组学信息筛选治疗性药物的方案，可以尝试性地应用到植物病原体上。特别像柑橘的致病菌这种需要昆虫媒介才能完成生活周期的种类，除了杀虫剂能阻断其生活周期以外，只能通过遗传学研究找到毒力相关因子，寻找抗性靶位以发展更有效的控制对策。固氮菌全部遗传信息的解析对于开发利用其固氮关键基因提高农作物的产量和质量也具有重要的意义。
环境保护微生物基因组研究找到关键基因降解不同污染物
在全面推进经济发展的同时，滥用资源、破坏环境的现象也日益严重。面对全球环境的一再恶化，提倡环保成为全世界人民的共同呼声。而生物除污在环境污染治理中潜力巨大，微生物参与治理则是生物除污的主流。微生物可降解塑料、甲苯等有机物；还能处理工业废水中的磷酸盐、含硫废气以及土壤的改良等。微生物能够分解纤维素等物质，并促进资源的再生利用。对这些微生物开展的基因组研究，在深入了解特殊代谢过程的遗传背景的前提下，有选择性的加以利用，例如找到不同污染物降解的关键基因，将其在某一菌株中组合，构建高效能的基因工程菌株，一菌多用，可同时降解不同的环境污染物质，极大发挥其改善环境、排除污染的潜力。美国基因组研究所结合生物芯片方法对微生物进行了特殊条件下的表达谱的研究，以期找到其降解有机物的关键基因，为开发及利用确定目标。
极端环境微生物基因组研究深入认识生命本质应用潜力极大
在极端环境下能够生长的微生物称为极端微生物，又称嗜极菌。嗜极菌对极端环境具有很强的适应性，极端微生物基因组的研究有助于从分子水平研究极限条件下微生物的适应性，加深对生命本质的认识。
有一种嗜极菌，它能够暴露于数千倍强度的辐射下仍能存活，而人类一个剂量强度就会死亡。该细菌的染色体在接受几百万拉德a射线后粉碎为数百个片段，但能在一天内将其恢复。研究其DNA修复机制对于发展在辐射污染区进行环境的生物治理非常有意义。开发利用嗜极菌的极限特性可以突破当前生物技术领域中的一些局限，建立新的技术手段，使环境、能源、农业、健康、轻化工等领域的生物技术能力发生革命。来自极端微生物的极端酶，可在极端环境下行使功能，将极大地拓展酶的应用空间，是建立高效率、低成本生物技术加工过程的基础，例如PCR技术中的TagDNA聚合酶、洗涤剂中的碱性酶等都具有代表意义。极端微生物的研究与应用将是取得现代生物技术优势的重要途径，其在新酶、新药开发及环境整治方面应用潜力极大。
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